石段を上りきると本堂が威容を誇っていた。本堂は室町時代の明応7年（1498）に火災にあい、文亀3年（1503）に兵火をうけ、さらに織田信長によって天正元年（1573）全山焼失した。その後天正12年に堀秀政により仮本堂が建立された。のち天海僧正の高弟亮算が入寺し、堂舎再興の勅許を得て諸国に勧進し、江戸時代の慶安3年（1650）現在の本堂が竣工。建物は、一重、五間六間、入母屋造で正面中央に軒唐破風が付せられている。金剛輪寺・西明寺の本堂よりもひとまわり小さいが、天台形式の構造をもった均整のとれた建造物で、平成16年12月に文化庁より重要文化財の指定を受けている。
